距离与维克特路基艾尔的决战曾经过了一年，光（根岸拓哉 饰）结束了一年的外洋进修，回到了日本。此时，咲夜（小池里奈 饰）和玛娜（最上もが饰）也一路进入了UPG，组成了新生UPG。然而，和平却没能一向延续下去，雫丘的上空突然出现了谜样的时空城，以及呼叫招呼着“封印所有奥特曼”的超时空魔神艾塔鲁伽和女兵士阿蕾娜（小宫有纱 饰）。银河和维克特利同UPG一路与艾塔鲁伽、阿蕾娜睁开了战役，但却遭遇了苦战。
战役中，从此外宇宙赶来的青年春野武藏（杉浦太阳 饰）和赛罗奥特曼出现了。为了打垮艾塔鲁伽，赛罗给光、胜（宇治狷介饰）进行了特训。UPG也为领会救被封印的奥特曼，和武藏一路闯入进了时空城…
